梭子蟹自人工育苗至养成商品蟹出池的各个时期均有病害发生，严重时死亡率高达80%以上。其中危害较严重的为细菌性疾病和寄生虫病。
一、弧菌病
病原体为鳗弧菌、副溶血弧菌及溶藻弧菌。此病在蚤状幼体各个时期均有发生，尤其在各期变态时更为严重。具体症状表现为对饵料的捕捉能力下降甚至消失，趋光性减弱，幼体活动不正常，严重时胸部及附肢发红。
防治方法：在人工育苗期间，根据幼体密度适当加大换水量，投饵应以鲜活饵料为主；养成期间，每隔10天左右全池泼洒0.3毫克/升三氯异氰尿酸钠或0.2毫克/升二溴海因或0.5毫克/升二氧化氯进行水体消毒。
二、丝状细菌病
病原体为毛霉亮发菌。主要附着在抱卵蟹的受精卵表面及蚤状幼体的鳃、附肢、体表。当受精卵的表面有丝状菌附着时，卵一般停止胚胎发育而死；当它附着在蚤状幼体的鳃及体表时，伴随大量菌丝附着，幼体摄食量降低，最后沉入池底死亡；养成期间丝状细菌附着引起鳃丝变黑，最终导致窒息死亡。
防治方法：预防应保持良好水质，养成中后期每15天左右泼洒15-20毫克/升生石灰水。治疗可用0.5-0.7毫克/升高锰酸钾或1毫克/升氯化铜全池泼洒。
三、发光病
病原体为荧光假单胞菌和亮弧菌。主要危害蚤状幼体，幼体感染后活力下降，体色白浊或全黑，夜间可见池中荧光闪烁。
防治方法：使用漂粉精0.5毫克/升或磷酸红霉素0.65-1毫克/升全池泼洒，连用3天。也可在饲料中添加0.1%复方新诺明或0.05%土霉素投喂。
四、寄生虫病
主要是聚缩虫、钟形虫等纤毛虫类。寄生在幼体鳃及体表，影响呼吸和蜕皮。养成期病蟹体表呈绒毛状，鳃丝发黑。
防治方法：育苗期可用制霉菌素30-35毫克/升全池泼洒；养成期使用三氯异氰尿酸钠0.3毫克/升或二溴海因0.2毫克/升全池泼洒。
五、甲壳溃疡病
由分解几丁质的细菌引起。甲壳出现褐色溃疡斑点，影响商品品质但不致命。
防治方法：保持水质清新，定期清除残饵。后期可全池泼洒15-20毫克/升生石灰。
六、乳化病
病原为酵母菌。病蟹步足尖端着地爬行，体腔有乳白色液体流出。主要发生在养殖后期水温20℃以下时。
防治方法：保持水质清洁，定期处理残饵。治疗可用5-8毫克/升聚维酮碘全池泼洒。