病毒病在多年生杂草及保护地蔬菜上越冬，第2年由蚜虫传播。烟草花叶病毒在带毒的土壤中、病残体、种子及卷烟中越冬，主要通过播种、分苗、定植、整枝等由汁液接触传播。病毒病的发生与环境条件、栽培技术有密切的关系。高温、干旱、日照强度过强，有利于蚜虫的发生、繁殖，而对辣椒的生长不利，降低辣椒的抵抗能力，导致病毒病发生严重；氮肥用量过多，植株生长柔嫩，或地势低洼，土壤瘠薄、板结、粘重或春植辣椒定植过迟等的地块发病较严重；与茄科作物连作，发病严重。
辣椒病毒病一般发生在春季气温回升后或夏季气温较高时，辣椒在生长过程中遇到高温、干旱等不利于植株生长的条件时，容易感染病毒病，特别是在白粉虱、蚜虫等害虫大发生时感染病毒病的机会就会增多。辣椒的病毒病一般3～4月份为发病高峰期，有时由于种子带毒造成植株感病。在冬季温度较低、辣椒长势弱的情况下，也容易表现出花叶、长势慢等轻微的病毒症状。该病害的传播一般通过刺吸食口器的害虫为害或人为造成的伤口间接传播。应该把握病毒病发生的规律，做到以“预防为主”采取各种措施综合防治，才能得到较好的效果。
该病由以黄瓜花叶病毒为主的多种病毒浸染引起，既可由蚜虫传播又可由接触传播，前一类病毒主要在菠菜、杂草和保护地蔬菜上越冬，来年春、夏由蚜虫传播引起发病，后一类主要在种子、病残体上越冬，来年在农事操作中由接触触或伤口传播引起发病。干旱有利于蚜虫发生和传毒，不利于辣椒生长，因此干旱年份该病发生较重。暴风雨会造成植株伤口，有利该病的传播。另外，定植晚、连作地、低洼地、缺肥地均有利于该病的发生。