药剂防治应在发病初期施药。可选用72%农用链霉素4000倍液、77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液、50%代森锌可湿性粉剂1000倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液等药剂灌根，每株灌药液0.5升。防治辣椒青枯病可用嘧菌酯，并加强田间管理。实行轮作能有效降低土壤含菌量，减轻病害发生。改良土壤，优化栽培方式，采用高垄或半高垄栽培，配套田间沟系，降低田间湿度，增施磷、钙、钾肥料，促进作物生长健壮，提高抗病能力。此外，避免连作，药剂浸种，使用新植霉素4000倍液或中生菌素800倍液灌根也是有效的防治措施。
