菠菜炭疽病是一种真菌性病害，病菌主要以菌丝体随病株残余组织遗留在田间越冬，也能以菌丝体粘附在种子上越冬。在环境条件适宜时，产生分生孢子，通过气流传播或雨水反溅至寄主植物上，从寄主表皮或从伤口直接侵入，引起初次侵染。经潜育后出现病斑，并在受害部位上产生新生代分生孢子盘和分生孢子，借风雨传播进行多次再侵染。
该病属细菌性病害，主要通过病病附着在种子表皮和随病残体在土壤中越冬构成初侵染原，从萌发种子或幼苗伤口侵染发病，发病后主要通过降雨、雨水、水流传播扩散，从伤口感染发病，这样周而复始，为害菠菜。地势低洼，栽植密度过大，空气潮湿，阴雨寡照，都有利于菠菜炭疽病的发生。
在中国上海及长江中下游地区，菠菜炭疽病的主要发病盛期在秋季8月中下旬至11月。年度间秋季高温多雨的年份发病重；田块间地势低洼、地面潮湿的田块发病早且重；栽培上反季节栽培、播种早、种植密度过大、通风不良、植株生长发育不健壮的发病重。