发病初期选用针对性药剂，如70%甲基托布津+新高脂膜800倍液喷雾，提高药效，隔离病毒，抑制病虫害复生。隔7-10天喷1次，连喷2-3次。如用药剂灌溉效果更好。选种、拌种时选择抗病品种，使用种衣剂+新高脂膜进行拌种，能驱避地下病虫，隔离病毒感染，提高种子发芽率。实行3年以上轮作，可有效清除前茬病残体。大蒜根腐病可用咯菌腈、甲霜铜、络氨铜锌、恶霉灵、枯草芽孢杆菌、氯溴异氰脲酸、敌磺钠或五氯硝基苯等淋灌根部进行防治，每7~10天一次，连续2~3次，即可控制发病，并使患病植株恢复正常生长。发病初期病叶较少时及时清除被害叶。加强管理，合理密植，雨后及时排水。于发病初期及时喷洒下列杀菌剂：10%世高1000倍液、43%好力克2000倍液、75%百菌清600倍液、58%甲霜灵锰锌800。使用杀菌剂多菌灵配制800倍液灌根防治根腐病。根腐病属于真菌病害，低温高湿和光照不足是引发此病的主要环境条件。另外土壤黏性大、易板结、透气不良致使根系发育受阻，也易诱发根腐病。根部受到地下害虫、线虫的危害后，伤口多，有利病菌的侵入。根腐病可用络氨铜、氯溴异氰尿酸、甲霜恶霉灵、咯菌腈或枯草芽孢杆菌加生根剂灌根防治。
