大蒜白腐病的病原菌以菌核在土壤或蒜种上越冬。豆瓣状菌核在土中可存活10~13个月,在灭菌砂中萌发率约30%。该病在河南地区呈间歇性发生。菌核通过混杂在大蒜种及病残体上,随播种和施肥进入土壤,尤其在多雨潮湿季节容易引发病害。