苹果树干腐病以菌丝体和分生孢子器、子囊壳在病组织中越冬。春季病菌沿病部扩展为害，或产生分生孢子，或子囊孢子，随风雨传播到树体上。孢子萌发后多从伤口侵入，也可从枯芽、皮孔、果实皮孔等处侵入。但只能侵染缓苗期的苗木、幼树或弱树，先在死组织上生长，然后向活组织扩展，有潜伏侵染的特点。6～7月发病严重，幼树正常生长后停止扩展，9～10月又继续发展。
苹果落花后。幼果即受到孢子侵染，6～7月为侵染盛期，果实近成熟期发病迅速，6、7天即烂果。春旱、倒春寒、低洼涝地，前1年旺长的幼树发病重。5～6月多雨则病果率高。红玉、元帅品种受害轻，富士、国光病重。
