一、症状。辣椒根腐病多在辣椒的生长前期发生。最初是植株中午萎蔫，晚上和早上可以恢复，反复几天后，整株死亡。注意观察病株的根茎部和根部，皮层变成淡褐色至深褐色腐烂。皮层很粗糙，易剥离，常会露出暗色的木质部。其变色部位仅限于根部和根茎部，这是与辣椒枯萎病的最大区别。有时把它误认为是辣椒疫病。辣椒疫病多是在茎基部皮层变色，仅仅是为害皮层和韧皮部，木质部不变色。
二、病原和发病规律。枯萎病是尖孢镰刀菌引致，辣椒疫病是由鞭毛菌亚门疫霉属真菌引致。病菌以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中越冬，成为第二年的初侵染源。田间通过雨水或灌溉水传播蔓延。施用未腐熟的肥料或者地下害虫严重，重茬、土质黏重，田间积水等情况下病害发生重。
三、防治措施。1.收获后及发病初期，及时清除病残体，减少越冬菌源。2.土壤消毒。可选用70%土菌消可湿性粉，每亩1～2公斤，或50%多菌灵可湿性粉，每亩1.5公斤，拌细干土30～50公斤，于种植前均匀撒于地表，耙耱混匀后栽苗。苗床可以用70%土菌消可湿性粉1500倍液浇灌消毒。3.底肥应施用充分腐熟的有机肥，并增施生物菌肥。4.合理灌水。日光温室辣椒一定要高垄覆膜栽培。深冬季节不能大沟漫灌，应于晴天上午膜下暗沟灌水。5.发病初期施药防治。可选用50%多菌灵可湿性粉500倍、50%多硫悬浮剂600倍、98%恶霉灵可湿性粉2500倍，喷雾或浇灌。视病情，每10天灌一次，连灌2～3次。
