制作培养料：对棉籽壳严格把关
菇农之所以喜欢用棉籽壳作为主要原料生产食用菌，是因为棉籽壳所含营养全面，吸水性强，透气性好，便于发菌出菇。研究表明，棉籽壳中可溶性碳水化合物含量在22%左右，全氮含量在0.67%左右，碳氮比为70：1，是种植大多数食用菌的优质原料。同时，棉籽壳颗粒适中，菇农不用再进行粉碎、预湿等操作，使用简单方便。菇农在选用棉籽壳时要注意两点：
首先，注意增加辅料，补充营养。由于脱绒设备的改进，棉籽壳上的绒毛变少变短，导致其吸水能力降低，透气性变差；棉籽油生产设备对棉籽造成的破损减少，又使棉籽壳中所含的营养物质吸收困难。菇农必须增加一定的辅料，如豆饼、麸皮等补充营养。
其次，选用新鲜棉籽壳。由于前两年棉籽壳价格居高不下，市场上棉籽壳存货不少。菇农购买时一定要谨慎，最好选择新棉籽壳，如果是陈旧棉籽壳，最好经过高温灭菌熟料栽培。但9月份之后才开始接种栽培的平菇，多用生料栽培。这里要特别提醒菇农朋友，在购买棉籽壳时一定要仔细，选用没有发生霉变的新鲜棉籽壳。
制作三级菌种：
关键是掌握好料水比
塑料袋具有良好的保湿性能，拌料时一定要严格掌握好料水比。如果培养料含水量偏低，则菌丝生长缓慢、纤弱；含水量偏高，则透气性变差，导致菌丝生长受阻。一般来说，秋季气温高，料水比以1:1.1-1:1.2为宜。也可用感观测定，以装袋前手握培养料，指缝间有水溢出，但不下滴为标准。棉绒长的棉籽壳可适当多加一些水，棉绒短的应少加一些水。装袋时，边装料边拌料，随时翻动料堆，以防干湿不匀，影响菌丝生长。
三级菌种发菌期：
及时翻堆，注意防虫
三级菌种发菌期要求避光、干燥并注意发菌室通风换气，经过一个月左右菌丝即可长满培养料。由于发菌时间长，如果管理不当，易出现菌丝生长慢、感染杂菌、虫害等问题，导致发菌失败。
首先，适时检查菌袋，翻堆散热。由于培养室空间有限，菇农多是多层堆放菌袋，有的可达5-7层。随着菌丝不断生长，菌袋内部温度随之上升，如果不及时翻堆散热，很容易造成烧菌。翻袋时要注意将原来朝上的一面换到下面，使袋内水分比较均匀，利于发菌。翻堆时，菌袋一定要轻拿轻放，防止扎袋，减少杂菌污染。翻堆时要注意检查菌种萌发、生长情况，发现有点片状杂菌发生，应及时拣出并进行防治。检查菌袋时可用手将菌袋两头的袋口松动一下，使氧气透进袋内，加快菌丝的生长。菌丝生长一段时间后，如果发现生长速度变慢，氧气缺乏，可用大头钉在菌丝长过处打小孔，切不能在还没有生长菌丝的地方打孔，否则会导致菌袋污染。
其次，做好防虫工作。三级菌种发菌期，经常受到害虫威胁。如果菌袋被硬物刺破或遭鼠害等，菇蚊、菇蝇等进入袋内产卵，菌丝很容易被害虫咬食，影响发菌。发菌期间，应每隔7天左右对地面、窗户等用高效氯氰菊酯、敌菇虫等药剂喷雾一次，预防害虫。
入棚期：做好进棚前的菇棚消毒
在平菇生产中，很多人往往把管理重点放在了前期菌种制作和出菇阶段，而忽略了平菇在入棚之前的菇棚消毒工作。如果消毒工作做不好，棚内病原多，平菇就更容易感染病虫害，进而造成损失。菇棚消毒非常简单，首先要将往年的废料、菇棚周边的杂草清理干净，在地面撒上生石灰，并用克霉灵、腐霉清等进行全棚喷洒，墙体、立柱、通风口等都要喷洒药物进行消毒，不留死角；也可将菇棚关严，用百菌清烟剂、二氯异氰脲酸钠烟剂和虫螨一熏绝（高效氯氰菊酯）等熏棚1-2天，然后通风排气，之后即可将菌袋搬进棚内栽培。
平菇生产中，还有一个让菇农头疼的问题，就是绿霉菌侵染。在将菌棒入棚时，首先要将被杂菌侵染的菌袋分拣出来，单独堆放，切不可与健康菌袋堆放在一起，以免杂菌传染到其他菌袋上。其次要看杂菌的侵染程度，如果被杂菌侵染严重，整个菌袋中都长满了绿霉菌，这样的菌袋已经无药可救，必须扔掉；如果侵染不是很严重，只有一处或几处感染绿霉菌，则可通过向长绿霉菌的培养料处注射高效绿霉净等药剂进行防治。
