为了减少杂菌对平菇侵染的损失，在对应措施上，要抓好以预防为主的综合防治。
在预防病菌入侵上，一是要选用抗病平菇菌种，特别是抗绿色木霉的品种；二要净化菇房环境，使菇房保持低温、低湿、低二氧化碳，让空气流通、保鲜；三要尽可能创造20-25℃、湿度为60%的生存空间；四要搞好菇房消毒，可用10千克清水，加15克来苏尔或甲醛溶液喷雾，熏蒸一天菇房。
在生料的处理上，可用500千克生料，配250毫升惠满丰或庄福星活性液肥，对清水拌和。采用此法拌和后的生料，未发现生料感病，且菌丝生长快，铺得厚，色泽白。袋料出菇后，子实体饱满，含水量高，不易被风吹干出菇时平菇个体坚韧，不易破碎，商品率高。也可用100千克生料加克霉灵80克拌和，或用50%多菌灵或甲基托布津对水拌和，具有较好的防菌效果。
对已感病的病灶喷药灭菌，一可用5%石炭酸液或75%百菌清可湿性粉剂1000-1500倍液喷施，二可用50克克霉灵溶液，加水10千克喷施，三可用生石灰90克、多菌灵10克，对水3-4千克，喷洒被感病的病部。
