马铃薯茎基腐病病原以病薯上的或留在土壤中的菌核越冬。带病种薯是第2年初侵染源,也是远距离传播主要途径。茎基腐病的病菌在田间由雨水、灌溉水、带菌农具、堆肥传播,形成反复侵染。菌丝生长低4℃,高32~33℃,适合23℃,菌核形成适温23~28℃。