南瓜枯萎病病原主要以菌丝体和厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机肥或土壤中越冬，能在土壤中存活3年，其菌核、厚垣孢子存活能力更强，能抵抗高、低温和干燥环境，即使通过家畜消化道后仍具生活力。采种时厚垣孢子可粘于种子上，播种带病种子，发芽后病原即侵入幼苗，成为次要侵染源。
苗期病菌可从根部的伤口侵入，也可直接从根毛的顶端细胞间侵入，附着在种子上的病菌，可在种子萌发时直接从幼根侵入，在根部和茎部的薄壁组织中繁殖蔓延，后进入木质部和维管束，向上下扩展，镰刀菌堵塞导管并产生毒素使细胞死亡，幼苗或成株枯萎。
空气相对湿度90％以上易染病，病菌发育和侵染适温24～25℃，气温低于12℃，高于25℃，或25～28℃易发病。果实染病主要发生在果实近成熟的糖分积累时期，此外，蚂蚁、农田害鼠咬食或机械伤口多，果实易发病。生产上连作、有机肥不腐熟、土壤过分干旱或质地粘重的酸性土是引起该病发生的主要条件。