防治南瓜蔓枯病，首先要选种抗病品种、做好种子消毒、培育无病壮苗，其次要合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，第三要加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度、适当提高田间温度，第四要在初发病时用腐霉利、瑞毒霉、吡唑醚菌酯、甲基托布津、多菌灵、腈菌唑等农药田间交替喷雾防治。
1.清洁田间，深翻土地，与非瓜类作物实行2-3年的轮作。
2.选用抗病品种，并对种子进行浸种和种衣剂拌种处理，能有效灭杀有害南瓜蔓枯病病菌，隔离病毒感染，加强呼吸强度，提高种子发芽率。
3.采用高畦栽培，另外雨季要及时排除积水。
4.分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施壮瓜蒂灵，使瓜蒂增粗，强化营养定向输送量，促瓜体健康生长，增强其抗南瓜蔓枯病能力。
5.药物防治。预防南瓜蔓枯病应用25%阿米西达悬浮剂。生长期的防治重点抓住始发病期用药，用内吸治疗性杀菌剂，隔7-10天喷一次，连续2-3次。
降低棚内的湿度，白天放风要注意时间节点，在保证棚内温度的前提下，尽量降低棚内湿度。平时整个树枝等农业操作要注意避免雨天，首先处理没有生病的植物，最后处理生病的植物，避免人为操作引起的病害传播。最后是药物处理，南瓜是蔓枯病和细菌性病害的混合，服药时混合预防蔓枯病和细菌性病害的药剂。例如，蔓枯病预防药剂有25%苯醚甲环唑、70%甲基硫菌灵和50%咪鲜胺锰盐，细菌性药剂有中生菌素、雅霉酮、雅霉素、春雷霉素等建议交替使用上述药剂。另外，茎部病斑严重的地方，也可以用甲基硫菌灵和百菌调整成糊状，涂在病斑上。