马铃薯茎基腐病发生与春寒及潮湿条件有关，播种早或播后土温较低发病重。该病主要危害幼芽、茎基部及块茎。幼芽染病，有的出土前腐烂形成芽腐，造成缺苗。出土后染病，初植株下部叶子发黄，茎基形成褐色凹陷斑，大小1～6厘米。病斑上或茎基部常覆有紫色菌丝层，有时茎基部及块茎生出大小不等、形状各异、块状或片状、散生或聚生的菌核；轻病株症状不明显。茎腐病会造成顶部叶片在高温天气出现萎蔫，类似于枯黄萎病或者干旱症状，但该症状可能在第二天早上消失。茎部感病会变成空心并从内部腐烂，尽管从外面看主茎没有任何症状，但切开主茎后会发现主茎已经空心，维管束变为褐色（黑胫病茎基部会出现黑色病斑并伴随一股鱼腥味）。初期症状是萎蔫和黄化，棕色病斑围绕在紧靠地表的地下茎的基部。
