移栽后的脱毒苗管理，前期以遮阳、浇水为主，同时注意防治地老虎害虫咬食幼苗，以保证成活和全苗。苗成活后去掉遮阳物，无雨时酌情浇水。每亩追施5千克尿素，并进行松土，有利于促进根、茎、叶生长，30天左右再追施尿素5千克，进行中耕培土，保证有足够的营养，防止因营养不足而导致早结薯，加速衰老降低产量。中后期是薯块膨大期，叶面喷施1%~3%的磷酸二氢钾或磷酸二铵，促薯块膨大，要严格防治晚疫病和传毒蚜虫以提高种薯产量和质量。
在进行脱毒马铃薯的种植的过程中要做好品种的选择工作，因为每个地区的气候条件以及土地的自然环境存在差异。在进行脱毒马铃薯种植的过程中，马铃薯是不可以重茬栽种的，包括在最近的三年之内种过茄子作物的土地。因此在大田生产中，马铃薯一定要避免重茬情况出现，包括马铃薯本身以及马铃薯与茄科作物都不可以。另外马铃薯生长对土壤是有着一定要求的，马铃薯喜欢土松地肥、土层深厚、易于排灌的沙壤土，最好是地势比较平坦的土壤，这样便于对其进行灌溉，也为马铃薯的排水提供了良好的条件。