辣椒软腐病病原随病残体在土壤中越冬，成为初侵染源。病原从伤口侵入，病菌通过灌溉水或雨水飞溅传播。发病后病原又可通过烟青虫及风雨传播，使病害在田间蔓延。辣椒田间低洼易涝，钻蛀性害虫多或连阴雨天气多，湿度大辣椒软腐病易流行。任何能引起伤口以及影响伤口愈合速度的因素都对此病的发生流行有密切关系。在田间，昆虫的为害是重要发病条件；在贮藏和运输中主要为机械损伤。病原细菌随病残余在土壤中越冬，借雨溅从伤口处侵入发病。种子也可带菌。田间传播大多是病菌附着在烟青虫、棉铃虫等幼虫的口器和体表，在为害果实时随之侵染发病。此外，病原细菌借风雨从机械伤口、日烧伤口等处侵入。
