其传播途径随毒源种类不同而异，主要分为虫传和接触传染两大类。可借虫传的病毒包括黄瓜花叶病毒、马铃薯Y病毒及苜蓿花叶病毒，其发生与螃虫和蓟马的活动密切相关，尤其在高温干旱天气下，蚜虫传毒能力增强，寄主抗病性降低。传播辣椒病毒病的蓟马有茶黄蓟马和棕榈蓟马。烟草花叶病毒通过接触及伤口传播，常见于整枝打杈等农事操作。此外，定植晚、连作地、低洼及缺肥地易引发该病流行。
主要为害甜、辣椒茎基部及维管束，病株部分枝和叶片变黄萎蔫，茎内维管束褐变，湿度大或生育后期茎基部或根茎部腐烂，有时可见粉红色菌丝及点状粘质物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。木贼镰刀菌等侵染幼苗的根茎部时，可引起种子腐烂或幼苗猝倒；串珠镰刀菌侵染后种子发芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子叶和种皮被菌丝包被，使种皮无法脱落，子叶不能伸展；尖镰孢菌侵染种子后，发芽率下降62%，幼苗矮化、茎部缢缩、弯曲或子叶垂萎等畸形症状，拔出幼苗，主根变为黄褐色，次生根坏死脱落；茄腐镰刀菌侵染种子后，发芽率降低52%，病菌首先侵染根及根茎部，初为水浸状，后腐烂，致幼苗枯死或矮化。