木瓜常见的病害包括枯萎病、白粉病、叶斑病、灰霉病、锈病和花叶病等。木瓜炭疽病的发生与果园土壤墒情、树势、通风透光性、果树负载、肥水管理、病虫害防治及采摘运输的科学性密切相关。
果实受害症状表现为幼果和成熟果上出现污黄色或暗褐色水渍状圆形小斑，病斑扩大至5～6mm时，变为褐色稍凹陷，出现同心轮纹，病斑下的果肉硬化并变褐，严重时全果腐烂。叶片受害症状为叶尖或叶缘出现褐色椭圆形或不规则形病斑，中央黄色、边缘褐色，病斑上长出小黑点。叶柄受害症状为脱落的或已脱落的柄上出现椭圆形或不规则形病斑，病部不下陷，感病部分与健康部分分界不明显。高温高湿或田间积水，以及采果时果皮损伤，常导致病害的发生。