于木瓜根腐病发病初期采用灌根方式施药防治根腐，用喷雾方式施药防治茎腐和果腐。对疫霉菌及腐霉菌引起的根腐病可选用的药剂有25%甲霜灵可湿性粉剂500～600倍液、72.2%普力克水剂500～800倍液和80%乙磷铝可湿性粉剂400倍液等；对于镰孢菌引起的根腐病可选用的药剂有70%恶霉灵可湿性粉剂、70%敌克松可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂等；按产品使用说明施于植株根部土壤中，每隔7～10天1次，连施2～3次。木瓜的根腐病的防治方法包括培育优良抗病品种，合理轮作，彻底清除枯枝落叶，搞好田园卫生，及时拔除病苗，及时用药防治。
