辣椒炭疽病主要危害接近成熟的果实和叶片。果实染病后，最先出现湿润状、褐色椭圆形或不规则形状的病斑，患病部分会稍显凹陷，斑面出现明显环纹状的橙红色小粒点，后转变为黑色小点，此为病菌的分生孢子盘。天气潮湿时溢出淡粉红色的粒状粘稠状物，此为病菌的分生孢子团。天气干燥时，病部干缩变薄成纸状且易破裂。
叶片染病后，受害初期，病斑为点状淡绿色，后扩大为褐色接近圆形，周围呈黄绿色病斑直径约1毫米。后期病斑中间常破裂病叶早落。在雨后或湿润时，病斑上常产生粉红色分生孢子堆或黑色小点。染病叶片呈水浸状褪色绿斑，后逐渐变为褐色。病斑近圆形，中间灰白色，有轮生黑色小点粒，叶片易脱落。
果实呈水渍状黄褐色病斑，扩大后呈长圆形或不规则形，病斑凹陷，上有同心轮纹，边缘红褐色，中间灰褐色，轮生黑色点粒，潮湿时病斑上产生红色粘状物，干燥时呈膜状，易破裂。病斑长椭圆形或不正圆形，稍凹陷，灰白色或灰褐色，极薄，易穿孔。
茎和果梗染病时，可出现不规则褐色病斑，稍凹陷，干燥时易开裂。果柄受害，生褐色凹陷斑。