症状表现为小叶、黄化、丛枝。早期发病的植株矮小，小叶，叶色发黄，不结果或结果很少；中后期发病的植株矮化或矮化不明显，中下部叶片正常，中上部叶片狭窄皱缩，叶柄变长，发病严重的植株黄化，叶片提早掉落，偶见有黄化斑驳症状。苗期染病植株叶色发黄，病株矮小，很少分枝，易形成单枝，侧枝少，不结果或偶结1～2果。蕾期染病，病株矮化，仅为健株株高一半，叶窄长，叶面积小，仅是健叶1/4，叶片扭曲呈疙瘩节状，叶色变黄，叶肉变薄似缺素症。叶柄狭长，是健株2倍，发病重的叶片仅剩叶脉，枝芽丛生呈“扫帚状”，茎杆带化，花序聚生或花器萎落，鳞片变成小叶。开花结果期染病，病株不明显，中下部叶片、椒角尚正常，仅侧芽少，中上部叶片狭窄皱缩不平，叶柄伸长，果枝短缩，心叶开张度小。该病与黄瓜花叶病毒引起的病毒病症状近似，应注意鉴别。主要是病毒感染所致，培育壮苗，注重虫害传播。辣椒丛枝病在苗期症状表现不明显，大田期症状主要表现为小叶、黄化、丛枝、簇芽。
