选择抗病品种，加强田间管理，及时防治病虫害。红薯软腐病的防治措施包括：首先在红薯采收前两周左右停止浇水，避免红薯茎块水分含量过高，影响后期储存。其次采收时间要把握好，选择在晴天进行采收，尽量注意不要给薯块造成外伤，避免伤口感染。红薯块采收要进行挑选、消毒、伤口晾干愈合等过程，避免薯块贮藏期间发生软腐病。在红薯贮藏过程中要注意控制好红薯窖的温度和湿度，同时注意红薯窖的消毒工作。
适时收获，宜选晴天进行收薯，避免冻害。夏薯应在霜降前后收完，秋薯应在立冬前收完。采收时要尽量避免伤到薯块，减少病菌侵害的渠道。细心筛选，淘汰病薯，合理晾晒。对贮藏窖内要进行彻底清理，发病率较高的窖室可用硫磺熏蒸。红薯进窖后，要加强日常管理，保持窖内10～14℃适宜的温度，及时打开窖门通风换气，降低湿度。
在红薯入窖前要精选，淘汰病、残、烂薯，水气晾干后入窖，尽量用新窖。旧窖用前要把窖内旧土铲除露出新土，也可每平方米用硫磺15克进行熏蒸消毒杀菌。此外，做好开沟排灌水防积水，可喷用异菌脲防治。