茄子黄萎病是一种土传病害，病原菌长期存活在土壤中。防治措施包括种子包衣、选择抗病品种和轮作等。发病初期，可选用70%黄萎绝可湿性粉剂600-700倍液、77%可杀得可湿性粉剂800-1000倍液、50%多菌灵600-800倍液或70%甲基托布津600-800倍液进行灌根或喷施茎部，每株灌100g，7-10天一次，连续2-3次。此外，使用NEB菌可增强茄子根系，扩大吸收范围，提高抗病能力。茄子定植前，每667平方米用50%多菌灵可湿性粉剂1.3～3千克加10倍土拌匀撒在定植沟内或喷洒地面，深耙入土中15厘米处。发现病株应及时拔除并集中烧毁，土壤上撒生石灰消毒。
