红薯真菌性病害包括红薯黑斑病、红薯根腐病、红薯软腐病、红薯蔓割病和红薯疮痂病等；细菌性病害有红薯瘟病；线虫病害包括红薯茎线虫和红薯根结线虫；此外还有红薯病毒病。北方薯区主要病害为茎线虫病、病毒病、根腐病和黑斑病；长江中下游薯区主要病害有黑斑病、薯瘟病、根腐病、病毒病和茎线虫病；南方薯区主要病害为薯瘟病、病毒病、蔓割病和疮痂病。红薯黑斑病又名黑疤病，主要危害薯苗和薯块，薯苗受害时在幼苗茎基部特别是白色部分形成长椭圆形稍凹陷的黑褐色病斑。其他病虫害还包括病毒病、叶斑病、疮痂病、红薯瘟、红薯蔓割病、红薯软腐病、红薯根结线虫和红薯若线虫等。
