疫病病斑在湿度大时表面生有白色菌丝，茎部受害初为暗绿色水渍状病斑，后扩展至褐色或黑褐色条斑，病部明显溢缩，引起软腐或茎枝折断，湿度大时病部可见白霉。菌核病在湿度大时病斑长出白色菌丝体后形成黑色菌核，成株期染病主要发生在距地面2-3厘米处茎部，病斑绕茎一周后向上下扩展，湿度大时病部表面生有白色菌丝体，后茎部皮层霉烂，髓部解体成空腔，并可在病茎周围找到黑色鼠粪状菌核。辣椒菌核病病菌以菌核遗落在土中或混杂在种子中越夏或越冬，温湿度适宜时萌发产生子囊盘和子囊孢子，子囊孢子借气流传播到植株上形成初侵染，发病后通过接触形成再侵染。菌丝从伤口侵入，或其芽管直接穿过寄主失去膨压的表皮细胞间隙，侵入致病。辣椒疫病由疫霉菌病菌引起，破坏性很强，在作物整个生长过程中都可发生，病菌会感染作物根、叶、茎及果实，同时还会引起根腐病等病害，严重时会造成整株枯萎。菌核病的病源主要是小核菌属和丝核菌的真菌属，小核菌属也被称为白绢病，一般在植株接近地面的茎基部和根部发生，病菌同样会感染根、茎、叶及果实。丝核菌在蔬菜上引起的病害主要是立枯病，一般发生在苗期或成株期，其中苗期最为严重。
