进行土壤消毒，在移栽前整地时，可以施用生石灰或通过药剂防治、烧火土等方式进行消毒。首先要避免与茄科作物连作，其次要采取起垄栽培，第三育苗床和栽培田要土壤消毒，并施用抗重茬菌剂。另外，要提前进行化学农药的预防，可以用绿亨一号等药剂，连喷带灌2-3次。辣椒土传病害危害比较严重的有疫病、根腐病、青枯病等，解决好辣椒土传病害防治问题显得越来越重要。由于土传病害主要是从蔬菜的根部或茎基侵染造成的，利用青枯立克灌根以较好地保护植株根系，对防治土传病害能起到很好的效果。育苗期可将青枯立克稀释300-500倍进行喷施，起预防作用。连作是大棚土传病害形成的主要因素，一方面，作物进行连作后，土壤地力消耗过大，影响作物的健壮生长，降低作物的抗病能力；另一方面，由于连续多年种植同一种作物，使这种作物的病原菌得以在土壤中连年繁殖，逐渐积累，最终形成病土。因此，防治土传病害，轮作是最经济有效的措施。合理的轮作，特别是水旱轮作，对预防土传病害的发生可收到事半功倍的效果。轮作时禁止相同科属的蔬菜轮作，例如番茄禁止与辣椒、茄子、马铃薯连作，黄瓜禁止与西葫芦、丝瓜、苦瓜轮作。辣椒土壤翻耕石灰杀土害虫或苗期喷洒蔬菜虫剂和土质施肥。
