1、农业防治。辣椒烂果僵果的防治应采取农业措施为主，药剂防治为辅的综合防治方法。
⑴选择抗病品种：如陇椒2号、6号、民欣早椒、保丰106等抗病能力强的品种。
⑵种子消毒：播前先在阳光下晒种1-2天，以杀灭表皮杂菌，提高发芽势；用50-55℃温水浸种15分钟（不断搅拌），水温降到25-30℃水中浸泡5-6小时，再放入1%硫酸铜水溶液浸种消毒5分钟，或用种子重的0.3%的代森锰锌粉剂倒入种子拌种5分钟；或用清水将种子浸4-5小时，再浸入10%磷酸三钠水溶液浸泡15分钟捞出，用清水冲净后在25-30℃下催芽，辣椒催芽采用变温处理，高温30-35℃，低温20-25℃，高低温处理的时间分别为10小时和14小时。催芽过程中，要注意调节湿度并进行换气，每6小时把种子翻动1次并补充一些水分，种子露白时播种。
⑶合理密植，双株定植：使叶片互相遮荫，避免果实暴露在阳光下。
⑷培育无病苗。
⑸及时通风降温（保暖），上午棚内保持较高的温度，使棚顶露水雾化；下午适当延长通风时间，降低棚内温度；夜间要适当提高棚温，减少结露。若遇到低温注意保暖增温。
⑹合理轮作倒茬，要与十字花科作物轮作，避免与瓜类、茄果类蔬菜轮作。
⑺及时摘除老、病叶并烧毁，增加田间通风透光性和减少病源。
⑻加强水肥管理，雨后及时排水，防止积水、生长期、结果期要适时浇水追肥，尤其在结果期及时浇水，防止高温为害，浇水应在晴天上午9-12时进行，避免田间积水，用复合肥追肥，增强植株抗病性，追肥隔水进行，结果期注意养分均衡供应。
⑼增施有机肥，定期叶面喷施微肥，即磷酸二氢钾、硫酸锌，硼砂、椒多收等叶面肥。
⑽及时防治三落病（落花、落果、落叶），避免早期落叶，减少日灼病的发生和为害。
2、药剂防治。病虫发生时及早防治对症下药，防止为害蔓延。灰霉病用50%速克灵2000倍液或50%扑海因1500倍液喷雾防治，如棚内温度低，湿度大用一熏灵烟雾剂交替熏蒸2-3次，效果更佳。
软腐病用10%吡虫啉1000倍液或5%抑太保1000倍液杀死烟青虫。用72%硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液或14%络氨铜水剂350倍液喷雾或灌根。
疫病用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液或50%甲霜灵锰锌粉剂800倍液或50%甲霜铜600倍液防治。
炭疽病用50%甲基托布津可湿性粉剂600倍液或75%百菌清700倍液或80%炭疽福镁800倍液或50%多菌灵粉剂500倍液防治。
病毒病在整个栽培过程中要及时防治蚜虫、白粉虱等虫害，以减少病毒病的传播。选用20%病毒A可湿性粉剂500倍液或1.5%植病灵乳剂1000倍液或抗毒剂1号200-300倍液防治。以上药剂交替使用，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
