1、实行检疫，封锁发病区：虽然根肿病已在许多地区发现，但就全国而言还有一些地区没有发现。有的省、市也只在局部小范围内发现。所以，实行检疫，封锁病区，严禁从病区调运蔬菜和种苗至无病区，是十分必要的。
2、实行轮作：病田实行水旱轮作或与非十字花科蔬菜轮作4-5年，并结合深耕，可以有效地减轻病害。
3、增施石灰：当地增施石灰，调整土壤酸度，使变成微碱性，可以减轻发病。广东经验，在种菜前撒施消石灰(每亩60-80公斤)，然后进行表土浅翻，定植前在畦面或定植穴内浇2%石灰水，以后隔10-15天再浇2-3次，根肿病很少发生。在根肿病发生以后，用石灰水浇于畦面，也可以减轻危害。
4、选用无病苗床和苗床消毒：选择无病地育苗，移栽定植时注意淘汰病苗。有病菌污染的苗床，可用福尔马林液时行土壤消毒(方法同茄科蔬菜苗期病害相同)。
5、加强栽培管理：广东农民经验，定植菜苗应选择晴天，最好定植后1-2周内天气晴朗，发病就轻、定植时下雨或不久遇雨，容易发病、低洼地应注意排水、施肥时必须用充分腐熟的堆肥、若用病根喂猪，要先煮熟，以杀死病菌休眠孢子囊、发现病根要深埋，并在病株穴内施石灰消毒。
6、药剂防治：五氯硝基苯防治根肿病效果很好，施用方法是栽培前作畦面均匀条施，每亩用药1.5-3公斤。也可以用75%五氯硝基苯可湿性粉剂700-1，000倍液，移植前每穴浇0.25-0.5公斤药液。或在田间发现少量病株时用药液浇灌。
