1.沤根
蔬菜育苗期间最常见的病害就是沤根，尤其在早春时候，沤根现象最为普遍、严重。幼苗发生沤根时，幼嫩的根系表皮可见褐色腐烂，地上部分失去养分来源，变得萎蔫发黄，幼苗最终枯死。
预防措施：尽量选择在设施内育苗，以保证有足够的温度。但育苗处和大田尽量分离开，避免出现一些病害;苗床土壤尽量选择通透性好，排灌方便不积水的地方为佳;尽量控制浇水量和浇水次数，土壤基本见干见湿就行，阴雨天时尽量不浇水;发生沤根后，及时通风散湿，田间撒施草木灰、干土，起到降低湿度和保温的作用;并喷施激素，提高幼苗的抗逆性，促进新根的生出。
2.低温冷害
早春低温冷害，和晚春霜冻是蔬菜育苗期间经常遇到的冻害现象。是造成春季育苗烂根、死苗的主要因素。
预防措施：密切关注天气变化，在寒流来临前，设施内增添取暖设施;或临时搭建保暖棚，地膜等，提高棚内温度，防止冻害。霜冻来临前，田间及时中耕松土，不但提高土壤通透性，降低湿度，还可起到保温的作用，从而减轻霜害的程度。幼苗出齐后，苗床及时通风，对幼苗进行低温锻炼，提高幼苗对寒流的适应能力。通风量和通风时间，要根据天气情况决定，温度高时通风时间应相应延长。霜冻来临前，可对幼苗进行喷水，使幼苗表面温度下降缓慢，以利幼苗对骤降的温度适应。
