马铃薯在库内完成了伤口愈合后，对菜薯和种薯而言，无损伤的要用14天时间将库温缓慢降至4-5℃的贮藏适宜温度；若有腐烂块茎出现的，应在几天内尽快将温度降至4～5℃，相对湿度90%—95%，否则会有进一步腐烂及侵染其周围马铃薯的危险。对加工用的马铃薯而言，降至贮藏适宜温度8-10℃，相对湿度90%-95%，这样会减少马铃薯块茎内糖的积累，避免加工时出现褐变。
马铃薯必须在暗处贮藏，极少的光就会引起块茎变绿。库内只有必要时才开灯，而且时间不要过长。表皮的变绿是因为有叶绿素生成，虽然它本身是无害的，但是在生成叶绿素的同时所产生的生物碱会使马铃薯产生苦味或不良的风味。
