施用肥料对水稻以及鱼类生长都非常有利，但是过量施肥或是施肥方法不合理，会对泥鳅造成有害作用。所以，一定要坚持以基肥为主、追肥为辅，以有机肥为主、化肥为辅的原则。
在稻田中施用的磷肥。经常是以施用钙镁磷肥及过磷酸钙为主。在施用钙镁磷肥之前应该首先和有机肥料堆沤发酵之后使用。在堆沤过程依靠微生物与有机酸作用，可以促进钙镁磷肥溶解，增强肥效。在进行堆沤的时候，把钙镁磷肥搅拌在10倍之上有机肥料中，沤制30天之上。过磷酸钙混合有机肥施用或是厩肥与人粪尿一起堆沤，不仅能够增强磷肥的肥效，并且过磷酸钙容易和粪尿中的氨化合，降低氮元素挥发，对保肥非常有利。所以，采取氮肥结合磷钾肥作为基肥深施，可以提升利用率，也可以降低对鱼类的危害。有机肥均需要腐熟才可以使用，以避免有机肥在腐解的过程中产生大量有机酸以及还原性物质而对鱼类生长造成影响。
基肥占有全年总施肥量的百分之七十到百分之八十，追肥占百分之二十到百分之三。注意施用足够的基肥，适宜的增加施用磷钾肥，并严格控制使用量，由于对泥鳅造成影响的主要是化肥。例如过量施用，水中化肥浓度太大，就会对水质造成影响，在严重时早盘呈泥鳅死亡。
几种经常施用化肥安全用量分别是为：每亩硫酸按10公斤到15公斤；尿素在5公斤到10公斤；硝酸钾在3公斤到7公斤；过磷酸钙在5公斤到10公斤。比如以碳酸氢钱代替硝酸按照作追肥，一定要拌土制成球肥深施，每亩使用量在15公斤到20公斤。碳酸氢作为基肥，每亩可以施用25公斤，在施用后的5天才可以放苗。长效尿素作为基肥，每亩的用量在25公斤，施用后的3到4天放鱼。若是使用蚕粪作为追肥，应该经过发酵之后再使用。由于新鲜蚕粪含有尿酸盐，对鱼具有毒害。在施用人畜粪追肥的时候，每亩每次以500公斤以内效果最好，作基肥时以800公斤到1000公斤最好。过磷酸钙不可以和生石灰混合施用，以避免引起化学反应，降低肥效。酸性土壤的睡到田适宜常施石灰，中和酸性，增强过磷酸钙肥效，对提高水稻结实率非常有利，但过量则会造成危害。
