辣椒的根部病害主要有疫病、根腐病、枯萎病和青枯病，病害发生后常造成辣椒死棵，严重者成片死亡，甚至绝收。
一、主要病害症状：一类是细菌侵染，如青枯病。该病多从枝条顶端叶片开始萎蔫，伴随整株叶片同时萎蔫青枯，病程较短。病茎外表症状不明显，纵剖茎部维管束变为褐色，横切面保湿可见乳白色粘液溢出。另一类为真菌病害，主要有枯萎病、疫病和根腐病。枯萎病发病初期下部叶片大量脱落，与地面接触的茎基部皮层呈水渍状腐烂，地上部茎叶迅速凋萎。疫病在辣椒整个生育期均可发生，以坐果后最易受害。成株期受害时，病部形成长条形斑，病健交界处明显，病斑凹陷或稍缢缩，病株叶片萎蔫脱叶致死亡。根腐病：一般在辣椒定植后至采果盛期发生，染病植株的枝叶白天发生萎蔫，傍晚至次日凌晨恢复，反复多日后导致整个植株枯死。观察根部，病株的根及根茎部皮层呈浅褐色至褐色腐烂，而且易剥离，多由支根蔓延至主根。
二、发病条件。根腐病、青枯病和疫病均可借灌水、施肥等田间操作传染，进行再侵染。连年重茬栽培的，因土壤中病菌含量不断增加，发病加重。高温高湿有利于病害的发生；特别是在灌水和培土后，土壤板结，根部通气不良时，会加速病害的发生发展。
三、防治方法。
1、合理轮作：前茬以十字花科和豆科作物以及葱、蒜等为宜，尽量避免与茄果类、瓜类等作物连作，以有效地阻断发病源。
2、改良土壤、施用免深耕土壤调理剂在重病区或重茬地，结合整地，每公顷施入熟石灰粉1200-1500千克，抑制病菌发展。
3、栽培管理：控制浇水量，雨季及时排水，防止涝害；施肥注意氮、磷、钾配合应用，防止缺肥或氮肥偏多。定植时注意剔除病苗，减少定植后的发病率。
5、做好药剂防治：对辣椒根部病害要早发现、早防治，要抓住发病初期及时用药防治。一般根腐病可用70%甲基硫菌磷灵可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液；对青枯病可用绿乳铜600倍液或77％可杀得500倍液，每7～10天喷洒一次，连续防治3次；对辣椒疫病可用50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或72.2%的普力克水剂600-800倍液灌根，每次每株灌0.5千克，可7天1次，连续3-4次。注意：药剂要交替使用，防止产生抗药性，降低防治效果。
