食用菌生产的废料如果不及时进行妥善的处理，轻则造成环境污染，影响以后种菇的产量和质量，重则导致病虫害大量蔓延，造成严重减产甚至绝收。其利用技术如下：
1、加工肥料
种菇后的废料是一种优质的有机菌肥。在果园内进行环状挖沟，把食用菌废料深施后掩埋，可改良果园土壤、提高水果品质，而且肥效持久。也可用作棉花花蕾肥，红薯、洋芋的基肥。把种菇后的废料与肥上混合后堆积自然发酵，可用来作为苗圃、花盆的养花基肥。
2、加工饲料
食用菌废料中仍有大量的菌丝存在，而菌丝中含有大量的蛋白质和多种氨基酸。将那些菌丝生长洁白、培养料未被污染的废料及时晒干后粉碎，添加10％左右到饲料中喂猪、鸡等畜禽动物，可降低成本，提高效益。
3、用作灭菌燃料
凡属袋栽的菌类品种，将出菇后的废菌筒晒干收藏，再用来作生产菌种和熟料栽培时的灭菌燃料，既节省了生产投资，又解决了废料的处理问题。
4、用作加温燃料
在北方，冬春季节自然温度低，种菇的塑料大棚不辅以升温措施则很难出菇。只需将升温灶体结构稍加改变，改烧煤为烧食用菌废料，每年可节省大量的煤炭燃料投资。
