一、黑腐病。该病病菌从茎基部或叶柄基部侵入，使植株近地面处发病，随后向上侵染，造成心叶腐烂。病部呈黑褐色腐烂状，有时会产生小黑点。防治该病要尽早，可采用综合防治措施来应对。(1)种子处理：用48℃温水浸20-30分钟移入冷水中冷却，捞出晾干再播种。(2)农业防治：选用抗病品种;实行2-3年轮作，水旱轮作;合理安排栽植密度，防止茎叶郁闭;雨季遇雨及时排水，大棚内要防止雨水流入棚内，浇水切忌大水漫灌;栽培过程中及时摘除病叶、病株，收获后立即彻底清理病残体。(3)药剂防治：发病初期，可选用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液或77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂600倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、30%氧氯化铜悬浮剂800倍液、30%碱式硫酸铜悬浮剂400倍液、40%百菌清悬浮剂600倍液等喷雾防治，每7-9天1次，连喷2-3次。
二、软腐病。芹菜软腐病又称“烂疙瘩”，属细菌性病害，一般在生长中后期封垄遮荫、地面潮湿的情况下易发病。主要发生于叶柄基部或茎上。防治方法：(1)农业防治：实行两年以上的轮作;在定植、中耕、除草等各种操作过程中，应避免伤根或使植株造成伤口。定植不宜过深，培土不应过高，以免叶柄埋入土中;雨后及时排水;发现病株及时，并撒入石灰等消毒;发病期减少或停止浇水，防止大水漫灌。(2)药剂防治：发病初期就开始喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂或新植霉素3000-4000倍液、14%络氨铜水剂350倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500-600倍液，每7-10天喷1次，连续喷3-5次。
三、缺钙。芹菜缺钙时，生长点的幼嫩组织初为褐色，后变黑直至枯死，同时病害向下延伸到茎基部和根部，致使茎表面变褐干枯，剖开生长点后可见内部中空，呈褐色干腐状，略有酸味。防治方法：(1)控制肥料用量，尤其是盐碱土壤要严格控制氮、钾肥的用量，以防耕层土壤的盐分浓度提高，抑制钙的吸收。(2)叶面喷钙：植物缺钙时由于土壤溶液浓度高，土壤施用钙肥常常无效，可选用0.3%-0.5%的氯化钙或硝酸钙溶液叶面喷施。(3)对于供钙不足的酸性土壤可施用含钙肥料如石膏或施用石灰。
四、缺硼。芹菜对硼敏感，土壤缺硼或因干旱、偏施氮肥造成植株缺硼，会造成茎秆和叶柄开裂，细菌由此侵入，使芹菜心叶变黑腐烂。防治方法：如果土壤缺硼，每667平方米可施用硼砂1千克，以补充硼元素的不足;发现缺硼症状后，可用0.1%-0.3%的硼砂水溶液进行叶面喷雾。
