黄连的产地加工，主要是用柴草或无烟煤加温炕干。用柴草做燃料的，常于宅旁或黄连地附近，选地面平坦，外壁直立，土层较厚的土台，于台上挖长方形平炕；用无烟煤做燃料的，通常于室内筑成斜炕。炕时火力不宜过大，并勤加翻动，炕至半干时，取下分成大、中、小三级；再重新上炕，大的放在下层，中等的放在中间，小的放在上层，使上、中、下三层黄连干燥一致。炕的火力应随干燥程度而减小，待干后，趁热取下放在竹制槽笼里来回推拉，或放在铁质撞桶里用力旋转，撞去残存须根、粗皮、鱗芽及叶柄，倒出筛去泥沙、杂质等即为成品。生产面积大而又有条件的，可建设烘房进行烘干。一般亩产干连100~200千克，高产者每亩达300千克。
此外黄连须根亩产量约占总产量的30%左右，小檗碱含量在5%左右，是仅次于根茎的产品。其他如黄连叶、黄连渣等均可作兽药用。
