根在早春时首先苏醒，较早萌动，吸取养分后供给树叶发芽生长。本固枝荣，根深而叶茂，树叶长出后进行光合作用，从阳光中吸收能量与二氧化碳作用，用根部吸收养分和水。通过新陈代谢作用，将能量用于消耗与积累。养分充足，光合能量多，树才能快速生长。根系不健全，地上部份就不可能繁荣：地上部份不繁荣，根系也不会发达。根叶生长具有相关性，即根叶比，根多叶多，叶多根好，根的培育离不开叶的培育，叶的培育离不开根的培育。
有两种含义，一是为了树桩的生存吸取营养物的根系，主要是活力强健的毛细根。二是具观赏作用的支持根，主要是侧根、粗根，它基本失去吸取营养的主要功能，只有分生新根疏导养分的作用。侧根在树桩的结构上，作为露根赏根的结构部份，而有重要作用。毛细根在生理上有不可缺少的作用，是维持树桩生命的命脉。随着树龄增加，毛细根膨大变粗向前延伸后，可转变成支持根被提露，而在结构上被加以利用。这两种根都是树桩盆景需要的，二者不可或缺，必须重点加以培养。
根的培育与叶的培育同时进行，方法程序也相似，都是以加强光照，提高温度，用肥水土气等促成方法进行培养。干湿交替炼根则是抑制方法。冬春应尽量提高土温，夏季全日晒。用水干湿交替，干透后再浇透。隔三差五的施用熟薄肥，经常松土，有利空气肥水的分解转化吸收。这样根系必将培育得生理强健，能为树桩生长提供充足的养分水分矿物质，促使树桩早日成型，成型后丰满健茂，极具生机与活力。在细根长粗后，便于蟠根造型，提根露根，使生桩在五到八年后有根可赏，从结构上与生理上完善树桩盆景作品，达到根、础、干、枝、叶共存共美。
树桩根系初成后，要经常进行炼根。盆树要置于全日晒条件下，加强光照，增加施肥、浇水，干湿交替。浇水后夏季要有八小时到二十四小时的偏干状态，让树根寻求发展，水分长期充足供应，树叶会很多而根系不会好，就像人一样，条件好了养尊处优不求发展。地植树桩要经常翻栽，不能翻栽每年生长季节将一侧的长根用利铲截断，让根系回缩到主干周围，有利将来上盆和出露欣赏。盆内育根要经常换盆，从小盆换到大盆，使根系盘结在盆内树础周围下面，无需蟠根，自已也能盘曲。