君子兰和蝴蝶兰通常通过几种不同的方式区分开来。首先，它们的种属不同，虽然名字相似但属于完全不同的植物门类。君子兰属于仙人掌科君子兰属，而蝴蝶兰则是兰科蝴蝶兰属的成员，这一点为它们的基本辨别提供了依据。
形态上，两种植物的差异明显。山茶在叶片上显示出更加肥厚、肉质化的特点，而君子兰的叶片则比较窄长、排列整齐有序。此外，山茶作为常绿植物其枝干伸展有力，形成一定规模后整株显得更加茂盛；而君子兰的茎干比较短小，多呈丛生状。
在叶片具体形态方面，山茶的叶片边缘通常有锯齿状，叶片表面深绿且光泽；君子兰的叶片则更偏向平滑，整体感觉更为优雅。
花期也是它们之间一个明显的区分点。山茶花一般在春末夏初开放，花色丰富，从纯白到深红都有体现；而君子兰的花期则主要发生在冬春之交，花朵颜色偏浅，多为白色或带有淡淡的粉色。
在养护环境方面，山茶喜欢阴湿且通风良好的环境，需要适度的遮阳以防止日晒伤害；君子兰则更适合弱光照条件，且对温暖的室內环境适应良好。这一点也间接影响了两者的观赏价值和应用场景。例如，在园林设计中，山茶更多地被用作绿篱或者庭院主景，而君子兰则因其优雅的形态常常用于室内装饰或者小型园林的点缀。
此外，山茶与君子兰在文化象征上也有不同。在许多地区，山茶花象征着坚贞和持久不渝的爱情，而君子兰则多代表高贵和纯洁，这一文化含义的差异也反映在两种植物的装饰和礼仪用途上。