无论选择何类树种作为树桩盆景的素材，首先应进行坯料的筛选。树坯的选择来源于两个方面，即山野树坯的采掘和树苗的培植，因为我们对树桩的要求要以苍古朴拙为主，因此一般都要选用树龄长，形态优美，在自然生长中有一定造型可塑性的树坯。
在采掘野生树坯时，要以树龄长久，生长旺盛，形态本身一般具有苍古奇特，遒劲曲折，悬根露爪的坯料为好，同时必须注意根据具体坯料的生长特性，确定其采掘过程与采掘时间。应以树木进入休眠期后采掘较为妥当，如初冬至初春，冬季采掘须注意保护树坯不受冻，以免来年难以成活，春季在树木萌动时，采掘较好。
因山野采掘的树坯，一般树龄较长，因此在挖掘程序上一定要以保其成活为首要目的。通常要保留一部分主要的造型枝干，并剪短使其萌芽，根据树坯的具体情况考虑其将来造型。采掘能在根部带土则尽量带土，若实在不能带土，则用泥蘸糊根部用谷草或筐、篓包装捆扎，铺之以苔藓，保护树坯在运输途中不致失水过度。树坯一般在地下深埋养护为好，待其成活后，再逐年造型提根。
树坯的造型一定要因材构思、因材造型，特别是自然类树桩造型，切不可用规律类树桩造型方法去死搬硬套。树坯的加工造型方法大致分为蟠扎法和修剪法两种。
修剪一般是蟠扎基本造型后再进行的，有平剪、选剪等。但也有纯粹用修剪方法进行造型的，如岭南派盆景造型就是用纯粹修剪的"蓄枝截干"的方法进行的。"蓄枝"是指选定技位后蓄养技条，"截干"是指把不符合造型要求的树干、枝条及根系截短或截除。
播扎法是用棕丝或金属丝对树桩进行造型。棕丝蟠扎属传统盆景树桩的造型方法，一般将树干或树枝作成半圆型的弯子。金属丝的蟠扎是用铜丝或铅丝对树坯进行造型，这种方法简便易行，屈伸自如。不论棕丝或金属丝蟠扎，有时蟠扎较粗不易弯曲的主干时，还可对树干进行纵向或横向开口使之易于弯曲。
为了增加树桩盆景的艺术价值和欣赏情趣，对一般树根都要进行提根处理。提根法通常用深盆高栽壅土法；深盆平栽水冲法；桶、筐状砂上或砂石培根法。
为了使树桩显现其在大自然中经风雨雷劈而呈现的苍柏之态，可对树干进行人工雕凿，甚至可以劈开树干。如对神枝和舍利干的处理，将一株松柏类的树桩用雕刻工具按构思将其干较上部分树皮，依吸水线扭曲、迂廻剥去，显出树干木质纹路。
树桩盆景的配盆要根据树桩的造型特点进行配备。在大小、深浅、款式、色调、质地上都要协调一致。一般来说，矮壮型的树木，单株栽植时盆口面积应小于树冠面积；而高耸型的树木，孤植时所用的盆口面积则必须大于树冠范围。直立式宜选较深一点的盆钵，斜干、卧干式可选深浅适中的盆，悬崖式树桩则只能根据悬飞程度选择深千筒或中深千简盆。
树桩盆景中常用山石或配件与树木配合布置，这是我国盆景艺术的一种独特造景手法。配件是指亭、台、楼、阁、动物和人物等小型陶瓷质或石质模型。应用配件时，要注意符合自然环境和景趣，注意远近、大小比例，以及色彩的调和。