菠菜心腐病主要为害茎基部、叶、茎和根均可受害。种子带菌的菠菜发芽后染病,出土后幼苗茎基变褐、缢缩,引起猝倒或腐烂,造成缺苗断垄。大苗发病,根茎处变褐、缢缩,植株外叶黄化,新叶坏死或半边黄化半边坏死,最后腐烂。发病后茎基部产生不明显的小黑点。