玉米黑穗病的形成主要是由种子带菌或土壤带菌引起的，其发病程度受多种因素影响。种植抗病品种是预防玉米黑穗病最有效的措施之一。在种植感病寄主和土壤有足够菌量时，播种后至玉米苗4-5叶期的温湿度成为病菌侵染的关键因素。合理轮作倒茬，与大豆、马铃薯、高粱等作物轮作，可以减轻病害的流行。适时迟播、浅播，缩短玉米出苗时间，也有助于减少病害发生。如果头年 ID=10 玉米黑穗病发生重，要对已包衣种子用戊唑醇湿拌种剂进行拌种，晾干后播种。此外，品种抗性差异明显，长期种植感病品种会增加土壤菌量，加重病害的流行。其他影响因素包括播种时温度过低、使用未充分发酵的有机肥、种植过密、种衣剂使用不当等。
