玉米纹枯病主要危害叶鞘，也可危害茎秆，严重时引起果穗受害。发病初期多在茎基部1～2茎节叶鞘上产生暗绿色水渍状病斑，后扩展融合成不规则形或云纹状大病斑。病斑中部灰褐色，边缘深褐色，由下向上蔓延扩展。穗苞叶发病也产生同样的云纹状斑。果穗发病后秃顶，子粒细扁或变褐腐烂。严重时根茎部组织变为灰白色，次生根黄褐色或腐烂。多雨、高湿持续时间长时，病部长出稠密的白色菌丝体，菌丝进一步聚集成多个菌丝团，形成小菌核。
最初从茎基部叶鞘感病，后侵染叶片及向上蔓延。发病初期，先出现水渍状灰绿色的圆形或椭圆形的病斑，由灰绿色逐渐变成白色至淡黄色，后期变为红褐色云纹斑块。叶鞘受害后，病菌常透过叶鞘而为害茎秆，形成下陷的黑褐色斑块。湿度大时，病斑上常出现很多白霉，即菌丝和担孢子。温度较高或植株生长后期，不适合病菌扩大为害时，即产生菌核。菌核初为白色，老熟后呈褐色。当环境条件适宜，病斑迅速扩大发展，叶片萎蔫，植株似水烫过一样呈暗绿色腐烂而枯死。
该病主要发生在玉米种植后期，危害叶鞘、叶片、果穗及茎秆，叶鞘发病，会出现椭圆形水渍状病斑，后期变为云纹状大斑，茎叶受害，会出现褐色病斑，潮湿环境下，还会出现白色菌丝体并陆续产生初为乳白色，后边淡褐色，最后为深褐色的菌核。造成严重的玉米减产。