目前温室大棚番茄氮磷化肥用量普遍偏高，土壤中氮、磷养分积累，氮、磷、钾养分供应与蔬菜需求的比例失衡，造成土壤质量、蔬菜品质下降等问题，在种植过程中施肥还要注意以下几点：
1、控施氮磷肥：依据土壤肥力条件，综合考虑环境养分供应，适当减少氮磷化肥的用量。
2、合理选用有机肥：老菜棚注意多施含秸秆多的堆肥，少施鸡粪、鸭粪等禽类粪肥，这样可以恢复地力，补充棚内二氧化碳，对除盐、减轻连作障碍等也有好处。
3、以温调肥：早春温度低，土壤养分供应慢，前期追肥要跟上，5月份以后减少氮肥追肥，增加钾肥的使用。初秋温度高，土壤有机养分供应能力强，以控为主，不要追肥。
4、施肥与浇水相结合：推荐施肥应与合理灌溉紧密结合，建议采用膜下沟灌、滴灌等，每次每亩灌溉不超过30平方米，沙土不超过22平方米。
一控：西红柿定植至坐果前的这一段时期，应看苗追肥，控制追肥量。若追肥过多且过于集中，易造成植株徒长，甚至引起落花落果。因此，这时期除植株严重缺肥的情况下，一般都应控制追肥量，略施稀粪水或生化有机肥液即可。
二促：西红柿幼果期和采收期应勤追肥，以促进其生长发育。在首穗果实长至核桃大小时要迅速追施高效化肥1-2次，一般施用浓度为30%的人粪尿或5%含硫复合肥浸出液，以保证植株不脱肥。幼果进入膨大期后，为满足植株生长需要，避免后期脱肥，应勤追促果保果肥，一般在晴天每隔10天施一次浓度为40%的人粪尿或5%含硫复合肥浸出液。
三喷：西红柿不仅由根部从土壤中吸收营养元素，而且可以由叶子吸收矿质营养，以促进果实及种子的发育。因此，在果实生长期间特别是前期连续阴雨不能进行土壤追肥时，应喷施2-3次叶面肥，可用有机液肥300-500倍液喷施，还可用螯合态多元复合微肥500倍液喷施，以提高西红柿的品质。
应根据西红柿的生长情况确定营养素的种类：定植缓苗后需中耕保墒，第一花序开花期间应控制灌水，防止因茎叶生长过旺引起落花落果。
（1）.结果前期：前期植株生长势比较旺盛，易徒长，尽量少用促进茎叶生长的叶面营养素，可选用磷酸二氢钾、复合肥等。
（2）.结果盛期：结果盛期植株生长势开始衰弱，应多用促进茎叶生长的叶面营养素来促秧保叶，可选用尿素、糖等。
西红柿叶面施肥的间隔时间要适宜，应注意与防病结合进行，施叶面肥要适量。建议推广使用水肥一体化技术，冲施氨基酸或黄腐酸或腐植酸肥。