芹菜灰霉病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先实行换茬轮作，精细整地，施足充分腐熟的农家肥基肥，深沟高畦栽培，加强栽培管理，清洁田园，及时清除病残株。在棚内采用地膜全覆盖，对芹菜浇水，采用小水勤浇，从地膜下面灌水，或者采用滴灌技术。浇水的时间应选择在晴天上午进行，严禁大水漫灌，浇水之前采用1000倍液50%普海因可湿性粉剂+爱多收4000倍液，进行整株喷洒，浇完水之后进行适当的放风排潮，尽量的减少叶片产生露珠。
保护地芹菜采用生态防治法，加强通风管理。具体作法为变温管理：即晴天上午晚放风，使棚温迅速升高，当棚温升至33℃，再开始放顶风，31℃以上高温可减缓该菌孢子萌发速度，推迟产孢，降低产孢量。当棚温降至25℃以上，中午继续放风，使下午棚温保持在25~20℃；棚温降至20℃，关闭通风口以减缓夜间棚温下降，夜间棚温保持15~17℃；阴天打开通风口换气。浇水宜在上午进行，发病初期适当节制浇水，严防过量，每次浇水后，加强管理，防止结露。
发病初期及时喷药，选用50%的速克灵可湿性粉剂1000～1500倍液、65%硫菌·霉威可湿性粉剂1000～1500倍液、50%克菌丹可湿性粉剂1000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1000～1500倍液、50%农利灵可湿性粉剂1500倍、50%腐霉利可湿性粉剂1500倍液、50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、50%多菌灵磺酸盐可湿性粉剂600-800倍液进行喷雾。以茎基部和叶柄为重点施药部位，每隔7～10天喷1次，共3～4次。