病菌以菌丝、厚垣孢子、菌核随病株残余组织遗留在田间、未腐熟的有机肥中或附着在种子、棚架上越冬，成为翌年初侵染源。病菌通过雨水、灌溉水和农田操作等传播进行再侵染。条件适宜时，厚垣孢子萌发的芽管从根部伤口、自然裂口或根冠侵入，也可从茎基部的裂口侵入。病菌喜温暖、潮湿的环境，发病最适宜的条件为土温为24～28℃，土壤含水量20～30%。浙江及长江中下游地区茄子枯萎病主要发病盛期在5～7月和9～10月。茄子的感病生育期为开花座果期。多年连作、排水不良、雨后积水、酸性土壤、地下害虫危害重及栽培上偏施氮肥等的田块发病较重。年度间春、夏多雨的年份发病重；秋季多雨的年份秋季栽培的茄子发病重。地势低洼、排水不良、土壤湿度大、空气相对湿度高于85%时，病害发展快、危害重。土温28℃，土壤潮湿，连作地，移栽或中耕时伤根多，植株生长势弱的发病重。
