病原菌附着在种子表面越冬，成为来年发病的初侵染源。同时，可借带菌种子作远距离传播。病菌也可随病残株留在土壤里越冬，靠雨水、昆虫、农事作业等传到茎、叶、果实上，从气孔或伤口处侵入。辣椒疮痂病是种传性病害，种子带菌率很高。病原细菌主要在种子表面越冬，也可随病残体在田间越冬。旺长期易发生，病菌从叶片上的气孔侵入，潜育期3～5天；在潮湿情况下，病斑上产生的灰白色菌脓借雨水飞溅及昆虫作近距离传播。病原与植株叶片接触后，从气孔或伤口侵入，在细胞间繁殖，致使表皮组织增厚形成疮痂状。发病适温27～30℃，高温高湿条件时病害发生严重，多发生于7～8月份，尤其在暴风雨过后，容易形成发病高峰。高湿持续时间长，叶面结露对该病发生和流行至关重要。植株发病后，病部溢出菌脓液，重复传播感染。
