辣椒疫病常发生在夏季和秋季，幼苗期受害的植株的茎基部会水化腐烂，上部会变得暗绿，出现倒伏。成株的茎叶、花瓣和果实都会受害，初期茎基部或枝条会出现水渍状斑点，其后会转为黑褐色，植株感染后的20天左右容易枯死，果实上开始会出现暗绿色病斑，最后果实长白色霉层，最后变黑。防治要点，定植后的幼苗要喷淋氧氯化铜800至1000倍液进行预防，发病初期的植株要喷洒可杀得或扑霉特等药剂来抑制病情。田间发现病株时应立即拔除并消毒，并将病株带出田外销毁。
辣椒褐斑病的主要防控措施有选择抗病品种，合理轮作倒茬，开展田园残体清理和土壤消毒，加强肥水和温度管理，及时药剂防治。防治辣椒褐斑病的方法，播种前用55-60℃温水浸种15分钟，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种20分钟后冲净催芽。直播时可用种子重量0.3%的50%多菌灵拌种。保护地栽培时，定植前用烟雾剂熏蒸棚室（此时棚室内无蔬菜），杀死棚内残留病菌。生产上常用硫磺熏蒸消毒，每100立方米空间用硫磺0.25千克、锯未0.5千克混合后分几堆点燃熏蒸1夜。发病初期喷洒50%代森锌可湿性粉剂500-600倍液，或1:1:200波尔多液，或75%百菌清可湿性粉剂500-600倍液，或36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液，或50%混杀硫悬浮剂500倍液，或20%苯霜灵乳油350倍液，或50%克菌丹可湿性粉剂450倍液，每7天喷药1次，连续防治2-3次。