黄瓜枯萎病是由真菌引起的病害，病菌以菌丝体、菌核和厚垣孢子在土壤、病残体和种子上越冬，在土壤中可存活5－6年或更长的时间。病菌通过种子、土壤、肥料、灌溉水、昆虫、农具等传播，从根部伤口侵入。重茬次数越多病害越重。土壤高湿、根部积水、高温有利于病害发生，氮肥过多、酸性、地下害虫和根结线虫多的地块病害发生重。
发病条件主要是温度和湿度。苗床气温16℃～18℃，定植后24℃～30℃，湿度大容易发病；连作、土质粘重，地势低洼，排水不良的田块发病较重；秧苗老化，施用未腐熟的有机肥或偏施氮肥也会导致该病的发生加重。
病菌从根部伤口或根毛顶端细胞侵入后，进入维管束，繁殖发育并引起中毒，造成维管束堵塞、变褐，导致植株萎蔫死亡。最适宜发病温度20～25℃，湿度90%，田间土壤潮湿、土壤粘重、板结、酸性、偏施氮肥、多年连作、重茬，以及连续阴雨等均有利此病的发生。