大蒜常见病虫害包括叶枯病、白腐病、锈病、软腐病和蒜蛆等。防治方法主要包括选种抗病品种，做好蒜种的挑选、分瓣、晾晒和消毒处理，合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，以及根据病虫害发生种类和严重程度，有针对性地选用对症的高效低毒低残留农药田间交替喷雾防治。
对于大蒜疫病，应注意追肥，避免大蒜徒长，采用高畦种植，田间挖好排水沟，防止积水增加田间湿度，对上茬作物要彻底清理，避免偏施氮肥，增施磷钾肥，合理种植密度并及时中耕除草，加强田间通透性。发病后，可以选用甲霜灵、腐霉利，多菌灵等药剂做茎叶喷施。
大蒜白腐病在春季开始发病，主要危害叶片、叶鞘、鳞茎，受病害侵染植株，叶片发黄长势虚弱，多由下部叶片开始发病。发黄叶片影响植株正常生长，最后整株枯黄死亡。
大蒜病虫害综合防治方法包括做好土地倒茬，防止土壤老化；深翻土地，减少杂草虫害和病菌；及时喷洒药物防治虫害，保证大蒜正常生长不受病虫害；多施有机肥，特别是猪粪鸡粪之类，保持土壤的蓬松舒软，为大蒜的良好生长提供优质的生态环境。
草莓轮斑病由不完全菌亚门真菌的大斑叶点霉引致，温暖高湿环境下易发病。建议设施内加强控水、通风，降低空气湿度。