木瓜花叶病主要危害叶片、叶柄、嫩茎及果实。叶片发病时呈现花叶状,新叶偶有畸形。嫩茎及叶柄初现水渍状斑点,后扩展联合成水渍状条纹。果实发病初期出现水渍状圈斑或同心轮纹圈斑,随后联合成不规则大斑。病株在寒冷天气下会落叶,仅剩顶部黄化幼叶。