玉米黑穗病发病原因包括施用未腐熟的有机肥、发病田的病株未能及时拔除运至田外销毁等，这些都会造成病原菌的大量积累。此外，种子质量不好或因播种过深而导致出苗时间的延长，也会增加病菌侵染成功的概率。玉米丝黑穗病是一个苗期侵入系统侵染的病害，一般到穗期才出现典型症状，病果穗一般较短小，基部大而顶端小，不吐花丝。除苞叶外，整个果穗变成一个大的黑粉包。苞叶一般不易破裂，黑粉并不外露，后期有些苞叶破裂，散出黑粉。里面仅有少量黑粉，没有明显的黑丝。雄穗受害变成一个大黑包的较少，整穗受害的以主梗为基础膨大成黑粉包，外面包被白膜，以后破裂，露出黑粉。花口变形，不能形成雄蕊，颖片长大增多，呈多叶状。雄花基部膨大，内有黑粉。病株大多矮化，有的株高只有键株的1／3～2／5。
